Het klooster werd gesticht in 1580 door Doña María de Guzman, een rijke vrouw die non werd. In de beginperiode bestond het klooster uit een wonderlijke mix van rijke vrouwen, dochters van indianenopperhoofden en arme inheemse vrouwen. De welgestelde nonnen ontbrak het aan niets; ze hadden bedienden en werden er regelmatig feesten gegeven. In 1871 echter werden de teugels aangehaald en werd het leven er aanzienlijk soberder op.
De nonnen woonden eigenlijk in een stad in de stad. Ze kwamen het klooster nooit uit. Op één plaats konden ze via een soort dubbele hordeur een kijkje nemen op de buitenwereld en praten met mensen "van buiten". Verder speelde hun leven zich alleen maar in het klooster af. Tot 1970 was het nog in gebruik, nu is grotendeels opgengesteld voor toerisme. In een klein afgescheiden deel wonen nu nog zo'n 30 nonnen.

Het kloostercomplex bestaat uit meer dan 100 huizen, 60 straten, een hoofdplein, een kerk en zelfs een begraafplaats.