Isla Margarita ligt op ca. 38 km. van het vaste land van Venezuela. Het eiland bestaat uit twee schiereilanden die met elkaar verbonden zijn door de 23 kilometer lange landengte van mangroven, Laguna de la Restinga.
Het hoofdschiereiland is het eigenlijke Isla Margarita, met het bergmassief Cerro el Copey met als hoogste top de San Juan met 930 meter.In het centrum van het andere schiereiland, Peninsula de Macanao, liggen de andere bergen van de archipel, waaronder de Cerro Macanao met 750 meter. De noordelijke punt van het eiland loopt steil af in zee en in het oostelijke deel zijn de vele stranden te vinden waarvan je hier een glimp kunt zien.