Uren achtereen kan hij boven de golven zweven, speurend naar prooi. Aan het wateroppervlak vangt de fregatvogel vooral vissen en weekdieren. Soms ontfutselt hij sterns of jagers hun prooi. Als hij een prooi ontdekt heeft, worden de vleugels opgevouwen en schiet de vogel in een snelle duikvlucht naar beneden. Als ze het wateroppervlak tot op enkele centimeters zijn genaderd, worden de vleugels weer ontvouwen en zweven ze weer omhoog, met uiteraard een prooi in de snavel.