Het christendom bloeit volop. De eerste kruistochten zijn voorbij, de mystiek neemt een hoge vlucht en overal worden kloosters en abdijen gebouwd. In 1317 komt het Heilig Sacrament van Mirakel naar de abdij van Herkenrode. Door deze relekwie wordt het een druk bezocht pelgrimsoord.

De dames van Herkenrode (In 1217 wordt Herkenrode als eerste vrouwenabdij in de Nederlanden opgenomen in de Orde van Cîteaux) hebben een enorme invloed op hun omgeving, zowel op religieus, economisch als politiek vlak. Ze komen uit belangrijke adellijke families en hebben een grote culturele bagage. Doordat de abdij zo rijk is, kunnen de abdissen hun belangstelling voor kunst volop uitleven. Ze bestellen prachtige schilderijen, glasramen, majolicavloeren, beeldhouwwerken en altaren bij de belangrijkste Europese kunstenaars en architecten. Onder Anna Catharina de Lamboy, Barbara de Rivière d'Arschot en Anne de Croÿ drukt de abdij haar economische stempel op de regio.

De Franse Revolutie betekent het einde van de religieuze activiteit op Herkenrode, maar blijft een belangrijke landbouwuitbating en de gebouwen krijgen in veel gevallen industriële bestemmingen: wolspinnerij, suikerbietenraffinaderij, stokerij, ...

Na 1820 verdwijnt door brand en afbraak het religieuze hart van de abdij: de kerk, de kloostergang en een groot deel van de oorspronkelijke kloostergebouwen.