In de 5e eeuw na Christus bloeide het Christendom op. Butrint en de stad had zijn eigen bisschop. De doopkapel en de grote basiliek werden gebouwd in het begin van de 6e eeuw. De doopkapel werd ontdekt in 1928 door de Italiaanse archeologische missie. Het is de op een na grootste doopkapel in het Oost-Romeinse Rijk, de grootste is die van de Hagia Sofia in Istanbul. Elk aspect van de architectuur en inrichting van de doopkapel staat symbool voor het doopritueel, met de fontein aan de andere kant van de doopkapel die de fontein van het eeuwige leven. De ingewikkelde fel gekleurde mozaïek heeft voorstellingen van het land (dieren), lucht (vogels) en water (vis), symbool van aspecten van de christelijke verlossing.