Het ontwerp van de Sjeik Zayed-moskee is gebaseerd op de Mongoolse en Moorse moskeearchitectuur. De Badshahimoskee in Lahore en de Hassan II-moskee in Casablanca hadden directe invloeden. De koepel en vloeren van de moskee zijn geïnspireerd op de Badshahimoskee en de architectuur op zowel het Mongoolse als Moorse ontwerp. De zuilengangen zijn typisch Moors en de minaret klassiek-Arabisch. Het ontwerp van de moskee kan het best omschreven worden als een fusie van Arabische, Mongoolse en Moorse architectuur.