In de wapenzalen van het Grand Masters Paleis is één van de grootste Middeleeuwse wapencollecties ter wereld te bewonderen. De collectie telt ongeveer 6.000 harnassen en een groot aantal wapens van de ridders. In de tijd van grootmeester Emmanuel Pinto de Fonseca lagen in het paleis de harnassen en het wapentuig van maar liefst 25.000 ridders opgeslagen. De ridders kwamen uit verschillende streken van Europa. Vanuit hun streek namen zij hun eigen uitrusting mee naar Malta. Hierdoor bestaat de huidige collectie uit een grote variëteit aan legeruitrusting afkomstig uit geheel Europa.