Een van de oude bruggen in Padua.
De stad heeft een zeer lange geschiedenis, beginnend met de mythische stichting door de Trojaan Antenor. Het is onder meer de geboorteplaats van de historicus Livius. Padua, het Romeinse Patavium, werd tijdens de Volksverhuizingen achtereenvolgens verwoest door de Visigoten (409 n.C.), de Hunnen (452), de Ostrogoten (543) en de Longobarden (610). In de middeleeuwen behoorde de stad tot het Duitse Heilige Roomse Rijk, doch zij was van de 12e eeuw af een vrije stad (libero comune). In 1174 werd Padua verwoest door een grote brand, waarna de stad bijna in zijn geheel werd herbouwd. Van grote betekenis voor de stad was de stichting van de universiteit (1222, in 1238 door keizer Frederik II uitgebreid), die als de bakermat van het humanisme kan worden beschouwd. In 1545 werd hier de Orto botanico di Padova gesticht, de oudste Hortus botanicus van Europa. Galileo Galilei bekleedde er een hoogleraarschap van 1590 tot 1610.

Padua is de sterfplaats van de heilige Antonius van Padua (overleden 1231). De basiliek van Padua is dan ook naar hem genoemd.