Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd Dresden in de nacht van 13 op 14 februari 1945 gebombardeerd door Britse en Amerikaanse geallieerden. De stad werd compleet verwoest. Aanvankelijk hield de Frauenkirche stand en konden ruim 300 mensen schuilen in de crypte. Op 15 februari begaf de koepel het en stortte de kerk in elkaar. Het symbool van Dresden was een hoop puin.

Direct na de oorlog begonnen de inwoners van de stad de resten van de stenen te verzamelen en te nummeren zodat deze later konden worden gebruikt voor de wederopbouw. Toch bleef de ruïne van de kerk nog jaren midden in het centrum van de stad liggen. De DDR-autoriteiten wilden de restanten van de Frauenkirche opruimen om er een parkeerplaats van te maken, maar de inwoners van de stad wisten dit te voorkomen. De wederopbouw van de kerk begon pas weer in 1993 en werd op 30 oktober 2003 voltooid. Dit project kostte ongeveer 130 miljoen euro. Mede dankzij de hulp van zo'n 600.000 donateurs is de Frauenkirche weer in ere hersteld en is het weer hét symbool van de stad.