Oost-Timor is verdeeld in dertien districten, waarvan Ainaro er een is. Ainaro is bedekt met een aantal rivieren en door de vruchtbare grond is dit gebied prima geschikt voor de landbouw. Naast het kustgebied aan de Timor Zee kent Ainaro ook een bergachtig gebied. Het hoogste punt van het land, de 2960 meter hoge Ramelau, ligt hier.