Het park bestaat uit een kust deel van het westen van Flores ,
de drie grote eilanden Komodo ,Padar en Rinca ,26 kleinere eilanden en de omliggende wateren van de Sape Straights.
De eilanden van het national parc is van vulkanische oorsprong.
Het terrein is over het algemeen ruig, gekenmerkt door afgeronde heuvels,met hoogtes tot 735 m. Het klimaat is een van de droogste van Indonesië met een jaarlijkse neerslag tussen 800 mm en 1000 mm. De gemiddelde dagelijkse temperaturen in het droge seizoen van mei tot oktober zijn rond de 40 ° C.
Ondanks dat wij in de droge tijd op reis waren, was er de afgelopen periode veel regen gevallen, waardoor de heuvels bijna overal mooi groen waren.