Het Tonle Sapmeer beslaat ongeveer 2590 vierkante kilometer in de droge tijd, maar zwelt in de regentijd aan tot een oppervlakte van 24.605 vierkante kilometer. Tijdens de droge tijd vloeit water het meer uit via de Tonlé Saprivier in de Mekong bij Phnom Penh. Tijdens de regentijd is de waterstand in de Mekong echter zo hoog dat het water vanuit de Mekong via de rivier het Tonlé Sapmeer instroomt. Het meer wordt dan tijdelijk het grootste zoetwatermeer in Zuidoost-Azië.
Heel veel huizen staan hier hoog op palen. Zo bieden ze niet alleen bescherming tegen het hoge water, maar ook tegen roofdieren en andere ongedierte.