Het orgel van de Grote of Sint-Maartenskerk is gebouwd door Andries Wolfferts in de jaren 1783-1786. Hij gebruikte hierbij ouder pijpwerk van Matthias Verhofstadt. Al na 10 jaar werd het instrument verbeterd door Antonius Friedrich Gottlieb Heijneman.
In 1860 werkte de orgelbouwer Naber aan het orgel. Hierbij werd een nieuwe Viola da Gamba geplaatst. W. van Dijk uit Utrecht wijzigde in 1905 de dispositie enigszins, maar dat bleef verder zonder bijzonder merkbare verandering van de klank.
Aan het eind van de Tweede Wereldoorlog werd het orgel gedemonteerd vanwege de dreigementen van de Duitsers om de toren op te blazen. De Koff bouwde het na de bevrijding weer op en restaureerde het. Hierbij werd het pijpwerk ingekort, waardoor de toonhoogte bijna een halve toon hoger werd. Het resultaat was zeer teleurstellend. Het doel om het orgel helderder te laten klinken was niet gehaald.
In 1982 startte de orgelbouwer S.F. Blank een restauratie om het orgel weer in oude staat te herstellen. Adviseur bij de restauratie was Klaas Bolt. De belangrijkste werkzaamheden betroffen herstel van de windladen en het terugbrengen op originele lengte van het pijpwerk.